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Rcpp入門R代碼提速方法過程

 更新時間:2021年11月06日 15:35:25   作者:Kanny廣小隸  
這篇文章主要為大家介紹了Rcpp入門如何讓R代碼更快的提速方法過程,有需要的朋友可以借鑒參考下,希望能夠有所幫助,祝大家多多進步

當我們使用R進行論文模擬時,通常會涉及到許多的循環(huán)。一般比較容易的提速方法是將我們的for循環(huán)改寫為apply族的方法進行向量化運算,但這個方法速度提升的有限,在真實模擬時,如果要與其他算法進行速度的比較,除非自己的算法非常出色,否則還是很難與一些成熟包中的算法相庭抗禮。

這時想要再次進行提速,有多種方法,常見的幾種是將代碼改寫為Fortran代碼,改寫為C++代碼抑或改寫為C代碼。由于Rcpp包的存在,改寫為C++代碼相對簡單,所以后面將介紹幾種常用的方法進行改寫,并在R中進行調用。

在RStudio中創(chuàng)建C++文件

這里默認大家都安裝了RStudio,我們都從里面創(chuàng)建一個C++文件,從這里創(chuàng)建有個好處,就是它直接會顯示一段示例代碼,我們只需在上面稍作改動即可。

首先我們在RStudio中選擇:文件——新文件——C++文件,創(chuàng)建完一個新文件,里面是如下的內容(這里要在R中安裝Rcpp包,沒安裝的話,點到這里RStudio會自動幫忙進行安裝):

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// This is a simple example of exporting a C++ function to R. You can
// source this function into an R session using the Rcpp::sourceCpp 
// function (or via the Source button on the editor toolbar). Learn
// more about Rcpp at:
//
//   http://www.rcpp.org/
//   http://adv-r.had.co.nz/Rcpp.html
//   http://gallery.rcpp.org/
//
// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo(NumericVector x) {
  return x * 2;
}
// You can include R code blocks in C++ files processed with sourceCpp
// (useful for testing and development). The R code will be automatically 
// run after the compilation.
//
/*** R
timesTwo(42)
*/

我們按照上面的英文說明一行一行來進行理解。

詳細說明

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

這個是頭文件,以及使用Rcpp命名空間。正常的一個C++代碼開頭兩行其實也是這樣,這其實非常像我們R中的library以及Python中的import,有了這個,我們就可以在代碼中命名向量、矩陣、數(shù)據框等一些R中才有的對象形式,以便于R與C++中的一些內容的相互傳遞。

示例文件中的代碼其實就是命名了一個輸入與輸出對象均為數(shù)值向量的函數(shù)。這個函數(shù)也非常簡單:一個將向量乘以2的運算。

如果我們想在R中使用在C++文件中定義好的函數(shù),需要在C++里面函數(shù)的上方加上// [[Rcpp::export]]。需要注意的是,一個cpp文件可以在里面定義多個函數(shù),但只能傳出一個函數(shù)。

然后我們再點擊文件右上方的Source,即可將我們的函數(shù)載入進變量空間,或直接在另一個R腳本文件中運行下述命令:

Rcpp::sourceCpp('Desktop/myfun.cpp')

在示例文件中還有另一個trick,就是直接在我們的cpp文件中加上了下面這句命令:

/*** R
timesTwo(42)
*/

加上這句之后,我們Source這個文件后,可以直接測試剛剛定義的函數(shù),看看timesTwo(42)的運行結果,平時在測試的時候可以多多使用。

更多內容

關于Rcpp里面的一些常用數(shù)據類型與常用函數(shù),可以參考博客:R語言學習Rcpp基礎知識全面整理,里面講的很好。這里搬運一些內容過來:

數(shù)據類型 描述
int 整數(shù)型
double 數(shù)值型
bool 布爾型(TRUE, FALSE)
String 字符型
IntegerVector 整型向量
NumericVector 數(shù)值型向量(元素的類型為double)
ComplexVector 復數(shù)向量
LogicalVector 邏輯型向量; R的邏輯型變量可以取三種值:TRUE, FALSE, NA; 而C++布爾值只有兩個,true or false。如果將R的NA轉化為C++中的布爾值,則會返回true。
CharacterVector 字符型向量
IntegerMatrix 整型矩陣
NumericMatrix 數(shù)值型矩陣(元素的類型為double)
LogicalMatrix 邏輯型矩陣
CharacterMatrix 字符矩陣
List 列表;lists;類似于R中列表,其元素可以使任何數(shù)據類型
DataFrame 數(shù)據框;data frames;在Rcpp內部,數(shù)據框其實是通過列表實現(xiàn)的
Function 函數(shù)型
Environment 環(huán)境型;可用于引用R環(huán)境中的函數(shù)、其他R包中的函數(shù)、操作R環(huán)境中的變量
RObject 可以被R識別的類型

關于對矩陣以及數(shù)據框的一些基礎操作與常用函數(shù):

操作 描述
[n] 對于向量類型或者列表,訪問第n個元素。對于矩陣類型,首先把矩陣的下一列接到上一列之下,從而構成一個長列向量,并訪問第n個元素。不同于R,n從0開始。
(i,j) 對于矩陣類型,訪問第(i,j)個元素。不同于R,i和j從0開始。不同于向量,此處用圓括號。
List[“name1”] 訪問List中名為name1的元素。
DataFrame[“name2”] 訪問DataFrame中,名為name2的列。
X.size() 返回X的長度;適用于向量或者矩陣,如果是矩陣,則先向量化
X.push_back(a) 將a添加進X的末尾;適用于向量
X.push_front(b) 將b添加進X的開頭;適用于向量
X.ncol() 返回X的列數(shù)
X.nrow() 返回X的行數(shù)

總結

到這里,一些關于Rcpp基礎使用的相關內容就介紹的差不多了。

還有另外兩個網址也非常推薦:

http://adv-r.had.co.nz/Rcpp.html

http://gallery.rcpp.org

前者里面有很多基礎操作的代碼,包括:向量->向量;向量->矩陣;標量->矩陣等等,里面都有示例函數(shù)及相關代碼,復制到自己的cpp文件中運行并理解就很容易上手。

后者相當于一個搜索庫,要使用Rcpp進行矩陣運算、并行計算、常用算法等操作,直接在里面進行搜索,就可以看到大神寫的一些相應代碼,同時知道該調用哪些庫中的函數(shù)。

后面的博客中我們將介紹:RcppEigen進行矩陣運算

以上就是Rcpp入門R代碼提速方法過程的詳細內容,更多關于Rcpp入門R代碼提速的資料請關注腳本之家其它相關文章!

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