R語言繪制Bubble Matrix氣泡矩陣圖
又是一個好久不見,朋友們你們最近還好嗎!最近小仙同學(xué)剛經(jīng)歷了人生中的一個重要的里程碑——延畢。在預(yù)料之中、又如期而至的兩個字,小仙心里也是很復(fù)雜,可終究跟“畢業(yè)”二字沾了邊,就當(dāng)它是好事啦!
今天要給大家介紹的是氣泡矩陣圖,要模仿的圖形如下。小仙同學(xué)一直有一個困惑:什么樣的數(shù)據(jù)應(yīng)該畫什么類型的圖,才能精確地展示數(shù)據(jù)表達(dá)出自己的意思?
對于氣泡矩陣圖,小仙有同樣的困惑。研究了一下,也只能理解個大概,暫且認(rèn)為就是坐標(biāo)軸相同的兩種數(shù)據(jù)集可以用一張氣泡矩陣圖來展示,氣泡的大小和顏色可呈現(xiàn)兩種不同的信息。
Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備
首先要把你想要繪圖的數(shù)據(jù)調(diào)整成R語言可以識別的格式,建議大家在excel中保存成csv格式。
Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取
data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注釋:header=T表示數(shù)據(jù)中的第一行是列名,如果沒有列名就用header=F
Step3.繪圖所需package的安裝、調(diào)用
library(reshape2) library(ggplot2) #注釋:package使用之前需要調(diào)用
Step4.繪圖
data_melt<-melt (data) names(data_melt) = c('Gene', 'Cell', 'Value') #注釋:melt()函數(shù)把表格中的寬數(shù)據(jù)變成長數(shù)據(jù) p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()
Step5.美化
p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()+ theme(panel.background = element_blank(), panel.grid.major = element_line(colour = "gray"), panel.border = element_rect(colour="black",fill=NA))
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