R語言繪圖學(xué)習(xí)教程VennDiagram繪制venn
導(dǎo)讀
使用VennDiagram函數(shù)包中的venn.diagram函數(shù)繪制三數(shù)據(jù)集venn圖。
安裝依賴包:
# venn圖 install.packages("VennDiagram") library(VennDiagram)
一、模擬輸入
產(chǎn)生3個(gè)含200字符串的數(shù)據(jù)集
set1 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set2 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set3 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set4 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="") set5 <- paste(rep("word_" , 200) , sample(c(1:1000) , 200 , replace=F) , sep="")
sample(x, size, replace=F) # 不放回抽樣
二、venn基礎(chǔ)圖
1 兩個(gè)圈
venn.diagram( x = list(set1, set2), category.names = c("Set 1" , "Set 2 "), filename = 'venn.png', output=TRUE )
2 三個(gè)圈
venn.diagram( x = list(set1, set2, set3), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3"), filename = 'venn.png', output=TRUE )
3 四個(gè)圈
venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4"), filename = 'venn.png', output=TRUE )
4 五個(gè)圈
venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4, set5), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4", "Set 5"), filename = 'venn.png', output=TRUE )
三、個(gè)性化參數(shù)調(diào)整
library(RColorBrewer) color <- brewer.pal(3, "Set3") # Chart venn.diagram( x = list(set1, set2, set3), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3"), filename = 'venn2.png', output=TRUE, # 輸出 imagetype="png" , # 類型(tiff png svg) #height = 1000 , # 高度 #width = 1000 , # 寬度 resolution = 400, # 分辨率 compression = "lzw", # 壓縮算法 # 圈 lwd = 5, # 圈線條粗細(xì) 1 2 3 4 5 lty = 1, # 線條類型, 1 實(shí)線, 2 虛線, blank 無線條 fill = color, # 填充色 col = c("red", 'green', 'blue'), # 線條色 # 數(shù)字 number cex = 2, # 數(shù)字大小 fontface = "bold", # 加粗 fontfamily = "sans", # 字體 # 標(biāo)簽 category cat.cex = 2, # 字體大小 cat.col = c("red", 'green', 'blue'), # 字體色 cat.fontface = "bold", # 加粗 cat.default.pos = "outer", # 位置, outer 內(nèi) text 外 cat.pos = c(-27, 27, 135), # 位置,用圓的度數(shù) cat.dist = c(0.055, 0.055, 0.085), # 位置,離圓的距離 cat.fontfamily = "sans", # 字體 rotation = 1 # 1 2 3 旋轉(zhuǎn)確定大打頭數(shù)據(jù)集 )
四、保存
1 繪圖待保存
library(RColorBrewer) p = venn.diagram( x = list(set1, set2, set3, set4, set5), category.names = c("Set 1" , "Set 2 " , "Set 3", "Set 4", "Set 5"), # filename = 'venn.png', filename = NULL, output=TRUE, fill = brewer.pal(5, "Set2"), col = brewer.pal(5, "Set3"), fontface = "bold", cat.col = brewer.pal(5, "Set3"), cat.fontface = "bold" )
2 保存為PDF
pdf("venn-pdf.pdf") grid.draw(p) dev.off()
3 保存為PNG
png("venn-png.png") grid.draw(p) dev.off()
更多參數(shù):
col = NA # 邊框設(shè)為無色
參考:
https://r-graph-gallery.com/venn-diagram.html
venn網(wǎng)頁工具:
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/
enn.diagram函數(shù)文檔:
https://www.rdocumentation.org/packages/VennDiagram/versions/1.6.20/topics/venn.diagram
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