如果你需要通過 su 命令切換用戶后激活 Conda 環(huán)境，可以按照以下步驟操作：

1. 使用 su 切換到目標(biāo)用戶并激活環(huán)境

在終端中，直接使用 su 切換到目標(biāo)用戶（普通用戶），然后激活 Conda 環(huán)境：

su - username

此命令的作用：

• 切換到 username 用戶。
• 使用 - 確保加載目標(biāo)用戶的環(huán)境（包括 .bashrc 或 .bash_profile）。

接著激活 Conda 環(huán)境：

conda activate <environment_name>

如果 Conda 沒有添加到 PATH 環(huán)境變量，請先加載 Conda 環(huán)境：

source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda activate <environment_name>

2. 一步切換用戶并激活環(huán)境

可以將 su 和 Conda 激活命令合并為一條命令：

su - username -c "source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate <environment_name> && bash"

解釋：

• su - username: 切換到目標(biāo)用戶。
• -c "...": 執(zhí)行后續(xù)命令。
• source ...: 加載 Conda 環(huán)境腳本。
• conda activate ...: 激活指定的 Conda 環(huán)境。
• && bash: 進(jìn)入用戶的 shell（帶激活的環(huán)境）。

3. 保持當(dāng)前 Shell 激活 Conda 環(huán)境

如果你只想暫時切換用戶并激活 Conda 環(huán)境，可以運行以下命令，而不進(jìn)入交互式 Shell：

su - username -c "source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate <environment_name> && python --version"

這種方式適合執(zhí)行特定任務(wù)，例如運行 Python 腳本或執(zhí)行環(huán)境中的命令。

4. 配置 su 切換后自動加載 Conda

為目標(biāo)用戶配置 Conda 環(huán)境的自動加載，在目標(biāo)用戶的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件中添加：

報錯： su: invalid option – ‘n’ 原因為命令沒有加上引號

錯誤 su: 無效選項 – ‘n’ 發(fā)生是因為 su 命令將 -n 參數(shù)（來自 conda run 命令）解釋為自己選項，而不是您要執(zhí)行的命令的選項。

要解決這個問題，您需要確保傳遞給 su 的命令被正確引用，以便將其視為單個參數(shù)。

這里是修正后的命令：

su - nginx -c "/home/nginx/miniconda3/bin/conda run -n crisprcasfinder perl CRISPRCasFinder.pl -in /data/website_data/data_assets/genomics_begoniaceae/private/crispr/job/CRISPRCasFinder_tzyzd2L0/MelioribacterRoseus.fasta -out CRISPRCasFinder_tzyzd2L0 -noMism"

說明：
su - nginx：切換到 nginx 用戶，加載其環(huán)境。
-c：在切換用戶后執(zhí)行單個命令。
引號內(nèi)的完整命令：確保在-c 之后的所有內(nèi)容被視為一個單獨的字符串，并將其作為單個命令傳遞給 shell。
附加說明：
確保 Conda 的 PATH 或完整路徑：
如果 conda 不在 nginx 用戶的 PATH 中，請確保提供 conda 的完整路徑，如修正后的命令所示。
權(quán)限檢查：
確保 nginx 用戶有執(zhí)行 Perl 腳本和訪問所需文件及目錄的正確權(quán)限。
激活環(huán)境（可選）：如果 conda 運行命令未按預(yù)期工作，您可能需要在運行腳本之前顯式激活環(huán)境。您可以按以下方式調(diào)整命令：

su - nginx -c "source /home/nginx/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate crisprcasfinder && perl CRISPRCasFinder.pl -in /data/website_data/data_assets/genomics_begoniaceae/private/crispr/job/CRISPRCasFinder_tzyzd2L0/MelioribacterRoseus.fasta -out CRISPRCasFinder_tzyzd2L0 -noMism"

這確保在執(zhí)行 Perl 腳本之前，crisprcasfinder 環(huán)境已正確激活。

到此這篇關(guān)于dockerfile中su命令切換用戶激活環(huán)境，報錯su: invalid option -- ‘n‘的文章就介紹到這了,更多相關(guān)dockerfile su命令內(nèi)容請搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章希望大家以后多多支持腳本之家！

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