RNAdraw是來自國外的一款小巧實用的RNA二級結(jié)構(gòu)分析軟件。支持RNA二級結(jié)構(gòu)計算、序列分析、序列篩選等功能，用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件，以進行多文檔窗口打開的數(shù)據(jù)處理的軟件。利用它可以來為我們的RNA序列進行篩選非常方便，本站為用戶提供了RNAdraw綠色漢化版下載，中文界面，打開即用，有需求的用戶不妨下載體驗！

功能特色

1、RNAdraw 是windows下的多文檔窗口(multiple document interface)軟件，允許你同時打開多個數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時幫助和退出程序。主窗口底部狀態(tài)欄最左邊的方框顯示鼠標所在的菜單命令的提示信息，而右邊三個方框提供了當前激活窗口內(nèi)容的信息。

2、RNAdraw中一個非常非常重要的特征是鼠標右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標當前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 工具條上的兩個按鈕打開即時幫助（左邊的按鈕）或當前激活窗口的幫助（右邊的按鈕）

3、RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。用戶定制RNA文庫（Customize RNA Library）工具條/菜單選項可以讓你打開一個窗口，使用右鍵菜單可以增加/移動/刪除文庫條目通過工具條上能量參數(shù)按鈕或右鍵菜單計算前的選擇項.右鍵能量參數(shù)菜單包括恢復(fù)/重新設(shè)置數(shù)值、保存/載入?yún)?shù)方案等功能。

4、在RNAdraw中可以導(dǎo)入以下格式的文件:

- DOS/UNIX文本文件可以導(dǎo)入到序列編輯窗口和序列信息編輯窗口。

- GenBank查找的結(jié)果文件可以導(dǎo)入到RNAdraw. 不同的組成內(nèi)容會被放到相應(yīng)字段中去。

- RNAfold結(jié)構(gòu)計算輸出文件可以當成新文件導(dǎo)入，也可以與現(xiàn)存的文件合并。這樣就可以利用UNIX 強大的計算功能來計算，然后用RNAdraw來處理結(jié)果。

- Mfold關(guān)聯(lián)Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以當成新文件導(dǎo)入，也可以與現(xiàn)存的文件合并。這樣就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序來計算最佳的結(jié)構(gòu)然后用RNAdraw來處理結(jié)果。

RNAdraw可以導(dǎo)出以下格式文件：

-序列可以導(dǎo)出為文本文件或拷貝到剪貼板

-二級結(jié)構(gòu)可以導(dǎo)出為.ct (connect) 文件

-熱力學(xué)曲線導(dǎo)出為一個由兩列數(shù)字組成的文本文件

-結(jié)構(gòu)/矩陣/熱力學(xué)曲線/概率柱狀圖可以導(dǎo)出為：

-Windows位圖文件(.bmp)

-Windows 標準/ 便攜placeable (推薦，在許多應(yīng)用程序中經(jīng)常使用)/增強(Win32 only)圖元文件, 這樣可以將結(jié)構(gòu)圖插入到諸如微軟Word之類的文件中

RNA draw使用教程

1、打開RNA draw，點擊“File”，在下拉菜單中選擇“New File”，輸入你想要的文件名，點OK

點擊文件下的子文件，雙擊，進行你的序列導(dǎo)入。通常進行RNA結(jié)構(gòu)的計算時，輸入的基因序列達到數(shù)千個之多，但由于軟件本身與電腦的計算能力有限，建議先查找目的物的亞基所對應(yīng)的基因來分別進行計算。

同時通過人工輸入長序列會很麻煩，在序列輸入時可以 copy and paste。在序列輸入框中右擊出現(xiàn)的下拉菜單中選擇 clipboard，在子菜單中選擇 paste from，來粘貼你所復(fù)制的序列。然后回車。序列輸入完畢。

2、二級結(jié)構(gòu)的計算

序列導(dǎo)入完成后，于文件下子目錄上右擊在下拉菜單中選擇 calculate，在子菜單中選擇 structure(s)，進行計算（各項條件默認，如果有條件可以改變條件設(shè)置）。

以下為計算后程序框雙擊藍色部分：

在彈出的窗口上右擊，選擇 view structure。則出現(xiàn)了該序列的 2D 結(jié)構(gòu)。

3、siRNA 靶點的篩選

在 siRNA 設(shè)計過程中，通過如 Ambiom siRNA Target Finder，所選取的可能的靶序列中，有些會存在空間阻礙，從而影響設(shè)計的 siRNA 的沉默效率。所以對得到的靶序列利用 RNAdraw 進行二級結(jié)構(gòu)進行篩選。

通常利用 Ambiom siRNA Target Finder 所查找到的靶序列會標有序列起點核苷酸編號，通過這個編號在 RNAdraw 上進行序列篩選。

在 RNAdraw 的二級結(jié)構(gòu)計算圖上右擊選擇 show mode，在對話框中繼續(xù)勾選 show bases和 loop numbers，選擇 Label Rate為 1。

點擊 ok 后出現(xiàn)了帶有堿基，編號，還有二級序列的結(jié)構(gòu)圖， 右擊可以進行放大

通過靶序列對應(yīng)的核苷酸編號， 來對應(yīng)基因二級結(jié)構(gòu)上的序號， 驚醒空間結(jié)構(gòu)的篩選。將空間阻礙大的序列進行排除。

4、文件的保存

在我們篩選完后可能有的結(jié)構(gòu)還需要檢查， 要對文件進行保存。 右鍵點擊主文件，選擇 save file，保存到電腦。下次使用時，直接拖如程序框即可。