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在linux中用同一個版本的R 同時安裝 Seurat2 和 Seurat3的教程_Linu...

但是Seurat 3的 findmarker 這個功能可以一次計算10萬以上的細胞不報錯,而Seurat 2就不行,折衷的方案是同時安裝 Seurat 2和 Seurat 3的包,在內存里切換數據,而不用寫到本地后再用Seurat 3讀取后升級。 尤其是對于動輒10幾萬個細胞來說,保存數據到本地這個操作要花費至少30min, 讀取也要30
www.dbjr.com.cn/article/1679...htm 2025-5-24

使用Docker 部署 RStudio 的完美教程_docker_腳本之家

以Seurat包為例,V4和V5之間存在較大差異,而這些版本所依賴的其他R包也會對現有代碼產生影響。如果你感興趣,可以參考我的【Seuarat4和Seurat5 共存依賴解決方案】。另一種解決方案是使用Docker容器,通過其強隔離性來確保環(huán)境的一致性。今天,我將為大家介紹如何使用這種方法。 三.前置準備 linux服務器 docker 還沒...
www.dbjr.com.cn/server/3279992...htm 2025-5-29

R語言rhdf5讀寫hdf5并展示文件組織結構和索引數據_R語言_腳本之家

(注:在Seurat包中有現成的函數Seurat::Read10X_h5()可以用來提取表達矩陣,但似乎此外無法從h5文件中提取更多的信息)。GEO數據庫在R語言中對HDF5進行操作的軟件包為rhdf5。安裝1 install.packages("BiocManager");BiocManager::install("rhdf5");library(rhdf5)...
www.dbjr.com.cn/article/2531...htm 2025-5-28