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在linux中用同一個版本的R 同時安裝 Seurat2 和 Seurat3的教程...

Seurat 分析流程基本涵蓋了單細(xì)胞分析中的所有常見分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降維及畫圖等。還有一個重量級功能就是矯正不同實驗之間的批次效應(yīng)。然而Seurat 2和Seurat 3的矯正方法完全不一樣,得到的結(jié)果也不一致。 Seurat 2是基于CCA (典型相關(guān)性)的,可以矯正腫瘤,外周血及癌旁組織間
www.dbjr.com.cn/article/1679...htm 2025-5-24

使用Docker 部署 RStudio 的完美教程_docker_腳本之家

如果你感興趣,可以參考我的【Seuarat4和Seurat5 共存依賴解決方案】。另一種解決方案是使用Docker容器,通過其強隔離性來確保環(huán)境的一致性。今天,我將為大家介紹如何使用這種方法。 三.前置準(zhǔn)備 linux服務(wù)器 docker 還沒安裝docker,可以查看 http://www.dbjr.com.cn/article/113512.htm 四.部署過程 4.1拉取鏡像 (...
www.dbjr.com.cn/server/3279992...htm 2025-5-29

R語言rhdf5讀寫hdf5并展示文件組織結(jié)構(gòu)和索引數(shù)據(jù)_R語言_腳本之家

(注:在Seurat包中有現(xiàn)成的函數(shù)Seurat::Read10X_h5()可以用來提取表達(dá)矩陣,但似乎此外無法從h5文件中提取更多的信息)。GEO數(shù)據(jù)庫在R語言中對HDF5進(jìn)行操作的軟件包為rhdf5。安裝1 install.packages("BiocManager");BiocManager::install("rhdf5");library(rhdf5)...
www.dbjr.com.cn/article/2531...htm 2025-5-28