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python 提取文件指定列的方法示例

 更新時間：2019年08月07日 09:29:16   作者：baker00  
這篇文章主要介紹了python 提取文件指定列的方法示例，文中通過示例代碼介紹的非常詳細(xì)，對大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價值，需要的朋友們下面隨著小編來一起學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)吧

之前用featureCount 處理得到結(jié)果，要提出第一列g(shù)ene_id 和 readcount 列，首先軟件輸出的第一行默認(rèn)是你使用的命令行，沒有用，用bash批量刪掉。

for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done

刪除當(dāng)前文件夾下所有文件第一行。

其實(shí)提出兩列很簡單，不過我受夠了每次一個文件執(zhí)行一次的煩。想搞成別的程序調(diào)用時命令行參數(shù)直接就行。第一次知道sys.argv這玩意，學(xué)到了。

我設(shè)置了 -i 輸入，-o 輸出 這兩個參數(shù)來判斷輸入輸出文件個數(shù)，不過對于錯誤命令行輸入的判斷還很欠缺，畢竟只有自己用。

上代碼：

import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng): # index the input file and output file location,maybe it's too complex
 if sys.argv[i]=="-i":
 it=i
 if sys.argv[i]=="-o":
 out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
 print(sys.argv[i])
 file=open(sys.argv[i],'r')
 f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
 count=[]
 for lines in file.readlines():
 two=[]
 lines=lines.rstrip('\n')
 b=lines.split('\t')
 two.append(b[0])
 if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
  b[6]="count"
 two.append(b[6])
 s='\t'.join(two)
 f.write(s+'\n')
 f.close

其實(shí)python里面 str 和list 弄的還是昏頭昏腦的，每次都要錯了再改。

以上就是本文的全部內(nèi)容，希望對大家的學(xué)習(xí)有所幫助，也希望大家多多支持腳本之家。

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