概述

pydicom是一個(gè)常用python DICOM parser。但是，沒(méi)有提供解析多幀圖的示例。本文結(jié)合相關(guān)函數(shù)和DICOM知識(shí)做一個(gè)簡(jiǎn)單說(shuō)明。

DICOM多幀數(shù)據(jù)存儲(chǔ)

DICOM標(biāo)準(zhǔn)中關(guān)于多幀數(shù)據(jù)存儲(chǔ)的最重要一部分說(shuō)明是PS3.5 Annex A.4 A.4 Transfer Syntaxes For Encapsulation of Encoded Pixel Data。

無(wú)論何時(shí)，Pixel Data都存放在Pixel Data (7FE0,0010)中。有可能是直接存放的(native)，也有可能是被打包存放的(encapsulated）。常見(jiàn)的多幀圖一般采用打包存放的方式，特別是在數(shù)據(jù)存采用壓縮格式的時(shí)候。

在打包存放時(shí)，數(shù)據(jù)被拆分成很多數(shù)據(jù)段(Data Stream Fragment)，每個(gè)段保存成一個(gè)Tag為(FFFE,E000)的DICOM 項(xiàng)目(item)。其中第一個(gè)項(xiàng)目保存基礎(chǔ)偏移表(Basic Offset Table)，保存每個(gè)幀的起始偏移。然后，后面的數(shù)據(jù)段保存真正的數(shù)據(jù)。

**理論上，一幀（Frame）可以保存在多個(gè)數(shù)據(jù)段(Fragment)中。**但是，一個(gè)數(shù)據(jù)段不會(huì)保存兩幀的數(shù)據(jù)。實(shí)際應(yīng)用中，很少見(jiàn)到Frame跨數(shù)據(jù)段的情況，不過(guò)好的DICOM Parser應(yīng)該支持這種情況。這就是導(dǎo)致有些DICOM庫(kù)的接口看起來(lái)有點(diǎn)古怪的原因。

pydicom應(yīng)用

以pydicom 1.2為例，pydicom.encaps封裝了多幀有關(guān)的功能。解析最可能用到的幾個(gè)函數(shù)

多幀使用 pydicom.encaps來(lái)處理

pydicom.encaps.decode_data_sequence 返回每個(gè)(FFFE,E000)組成的item，形式是byte string的list。這樣一次拿到了所有fragment數(shù)據(jù)，可能比較耗內(nèi)存。注意理論上拿到的不是幀(Frame)

pydicom.encaps.generate_pixel_data 生成一個(gè)generator。每次迭代，返回做成一個(gè)fragments tuple，每個(gè)fragment是一個(gè)bytes，每個(gè)tuple是一個(gè)Frame。如果一個(gè)Fame保存在一個(gè)Fragment中。tuple就只有一個(gè)元素。

pydicom.encaps.generate_pixel_data_frame 迭代每次返回一個(gè)bytes，這個(gè)bytes代表了幀的全部數(shù)據(jù)。這應(yīng)該是最常用的函數(shù)。代碼實(shí)現(xiàn)就是把generate_pixel_data生成的tuple給拼接起來(lái)了。

這幾個(gè)方法的輸入都是pixel_array。相應(yīng)的Pydicom提供了用fp做參數(shù)的方法。

以上這篇Python解析多幀dicom數(shù)據(jù)詳解就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。

最新評(píng)論