使用python繪制cdf的多種實現(xiàn)方法
首先我們先用隨機函數(shù)編造一個包含1000個數(shù)值的一維numpy數(shù)組,如下:
// An highlighted block rng = np.random.RandomState(seed=12345) samples = stats.norm.rvs(size=1000, random_state=rng)
接下來我們將使用各種方法畫出以上數(shù)據(jù)的累積分布圖
1、matplotlib.pyplot.hist()
def hist(self, x, bins=None, range=None, density=None, weights=None, cumulative=False, bottom=None, histtype='bar', align='mid', orientation='vertical', rwidth=None, log=False, color=None, label=None, stacked=False, normed=None, **kwargs):
第一種方法,我們使用matplotlib圖形庫中的hist函數(shù),熟悉該庫的人應該知道這是一個直方圖繪制函數(shù),以上是從API中找到的hist函數(shù)的所有參數(shù),我們給出一維數(shù)組或者列表x,使用hist畫出該數(shù)據(jù)的直方圖。
直方圖有兩種形式,分別是概率分布直方圖和累積分布直方圖(可能說的不準確- -!),可以通過參數(shù)cucumulative來調(diào)節(jié),默認為False,畫出的是PDF,那么True畫出的便是CDF直方圖。
PDF(figure1)可以觀察到整個數(shù)據(jù)在橫軸范圍內(nèi)的分布,CDF(figure2)則可以看出不同的數(shù)據(jù)分布間的差異性,也可以觀察到整個數(shù)據(jù)的增長趨勢和波動情況。
上圖是概率分布直方圖,縱軸代表概率,如果置參數(shù)normed=False,縱軸代表頻數(shù)
如果我們要觀察兩種數(shù)據(jù)分布的差異,可能使用直方圖就不是很直觀,各種直方柱會相互重疊,我們只需更改直方圖的圖像類型,令histtype=‘step',就會畫出一條曲線來(Figure3,實際上就是將直方柱并在一起,除邊界外顏色透明),類似于累積分布曲線。這時,我們就能很好地觀察到不同數(shù)據(jù)分布曲線間的差異。
2、numpy.histogram
def histogram(a, bins=10, range=None, normed=False, weights=None, density=None)
第二種方法我們使用numpy中畫直方圖的函數(shù)histogram,該函數(shù)不是一個直接的繪圖函數(shù)(廢話- -!過渡句,哈哈),給定一組數(shù)據(jù)a,它會返回兩個數(shù)組hist和bin_edges,默認情況下hist是數(shù)據(jù)在各個區(qū)間上的頻率,bin_edges是劃分的各個區(qū)間的邊界,說到這我們大概可以想到其實該函數(shù)算是上一個函數(shù)的底層函數(shù),我們可以依據(jù)得到的這兩個數(shù)組來畫直方圖,我們也可以用頻率數(shù)組來直接畫分布曲線(Figure4)
這里我只給出了一個最原始的圖像,直接用hist數(shù)組畫的,如果想要變成合格的累積分布曲線圖,縱軸為概率(頻率乘區(qū)間長度),橫軸為區(qū)間(從bin_edges數(shù)組中取n-1個)就可以了
3、stats.relfreq
def relfreq(a, numbins=10, defaultreallimits=None, weights=None) Returns ------- frequency : ndarray Binned values of relative frequency. lowerlimit : float Lower real limit binsize : float Width of each bin. extrapoints : int Extra points.
第三種方法我們使用stats中的relfreq函數(shù),該函數(shù)和第二種的方法類似,也并非是直接畫圖,而是返回關(guān)于直方圖的一些數(shù)據(jù),這里的frequency直接是概率而非頻率,可以直接作為CDF圖的縱軸,但是橫軸需要自己計算,計算公式:
res.lowerlimit + np.linspace(0,res.binsize*res.frequency.size, res.frequency.size)
這個公式應該很好理解,我就不多說了,當然這些返回值都要依賴我們所給出的bins的數(shù)目。下面我給出一段代碼,便是使用stats.relfreq畫出概率分布直方圖和累積分布曲線圖。
rng = np.random.RandomState(seed=12345) samples = stats.norm.rvs(size=1000, random_state=rng) res = stats.relfreq(samples, numbins=25) x = res.lowerlimit + np.linspace(0, res.binsize*res.frequency.size,res.frequency.size) fig = plt.figure(figsize=(5, 4)) ax = fig.add_subplot(1, 1, 1) ax.bar(x, res.frequency, width=res.binsize) ax.set_title('Relative frequency histogram') ax.set_xlim([x.min(), x.max()]) plt.show()
rng = np.random.RandomState(seed=12345) samples = stats.norm.rvs(size=1000, random_state=rng) res = stats.relfreq(samples, numbins=25) x = res.lowerlimit + np.linspace(0, res.binsize*res.frequency.size,res.frequency.size) y=np.cumsum(res.frequency) plt.plot(x,y) plt.title('Figure6 累積分布直方圖') plt.show()
以上就是本人整理出來的關(guān)于畫cdf直方圖和曲線的三種方法,整理這方面東西的初忠是在發(fā)現(xiàn)在進行數(shù)據(jù)分析的時候,概率分布直方圖只能觀察到數(shù)據(jù)大概的分布情況,而在不同的數(shù)據(jù)樣本進行比較時卻很難直觀滴反映其差異性,通過看論文發(fā)現(xiàn)cdf可以做到這一點。
本人并不是數(shù)學專業(yè)出身,想要表達其意義,但有些描述和用詞不當,大家借鑒就好。希望大家多多支持腳本之家!
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