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使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作

 更新時間：2020年07月01日 09:43:13   作者：darren711  
這篇文章主要介紹了使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧

因為后期主要的研究方向是醫(yī)學(xué)圖像處理，而現(xiàn)有手頭的大部分?jǐn)?shù)據(jù)都是nii格式或者是hdr，img格式的數(shù)據(jù)，所以首先第一步我們需要解決圖像的讀寫問題。

其實使用OpenCV也可以方便的進(jìn)行圖像讀取，但是這里暫時只學(xué)習(xí)Nibabel這個庫，后面有時間的話再研究OpenCV在python中的使用。

Nibabel的安裝

可以通過pip進(jìn)行安裝

pip install nibabel

簡單的圖像讀取和存儲操作

import os
import nibabel as nib

# 讀取圖像
path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz'
img=nib.load(path)
# 查看圖像的長寬高
img.shape
# 圖像進(jìn)行仿射變換
img.affine.shape
# 保存圖像
path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz'

img.to_filename(path_save)
或者
nib.save(img,path_save)

補充知識：使用SimpleITK讀取NII格式三維圖像注意事項

SimpleITK

Python中SimpleITK被廣泛用于醫(yī)學(xué)圖像的處理任務(wù)中，功能非常強大，但是使用的時候還需注意，尤其在圖像讀取時一定要注意維度。

讀取NII格式的圖像

#讀取并顯示NII圖像文件
from matplotlib import pyplot as plt
import SimpleITK as sitk

img_path = 'res.nii.gz'
I = sitk.ReadImage(img_path)
img = sitk.GetArrayFromImage(I)
plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis
plt.show()

上面的代碼很簡單，不多做解釋，加入我們在最后加上

print(img.shape)

如果輸出（300,200,120），其中分別表示該三維體數(shù)據(jù)在Z軸，Y軸，X軸上的尺寸，這和MATLAB以及ImageJ都有點不同，后續(xù)處理一定要注意。

以上這篇使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。

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