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讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作

 更新時(shí)間：2020年07月01日 10:13:47   作者：無(wú)寵不驚過(guò)一生  
這篇文章主要介紹了讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧

讀取nii或者nii.gz文件中的信息，并且輸出圖像。

import matplotlib
from matplotlib import pylab as plt
import nibabel as nib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
file = '' #你的nii或者nii.gz文件路徑
img = nib.load(file) 
 
print(img)
print(img.header['db_name']) #輸出nii的頭文件
width, height, queue = img.dataobj.shape
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()
 
num = 1
for i in range(0, queue, 10):
 img_arr = img.dataobj[:,:,i]
 plt.subplot(5,4,num)
 plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
 num += 1
 
plt.show()

補(bǔ)充知識(shí)：SimpleITK讀取醫(yī)學(xué)圖像 .nii 數(shù)據(jù)（2D顯示）

【環(huán)境】win10 + python3.6 + SimpleITK

nii文件是NIFTI格式的文件，出現(xiàn)的原因是原來(lái)一種圖像格式是ANALYZE 7.5 format，但是這個(gè)圖像格式缺少一些信息，比如沒(méi)有方向信息，病人的左右方位等，如果需要包括額外的信息，就需要一個(gè)額外的文件，比如ANALYZE7.5就需要一對(duì)<.hdr, .img>文件來(lái)保存圖像的完整信息。

因此，解決這個(gè)問(wèn)題Data Format Working Group (DFWG) 將圖像格式完整的定義為NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式

import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io

def read_img(path):
 img = sitk.ReadImage(path)
 data = sitk.GetArrayFromImage(img)
 return data
#顯示一個(gè)系列圖
def show_img(data):
 for i in range(data.shape[0]):
  io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
  print(i)
  io.show()
 
#單張顯示
def show_img(ori_img):
 io.imshow(ori_img[100], cmap = 'gray')
 io.show()

#window下的文件夾路徑 
path = 'D:\\datasets\\Naso_GTV\\1\\data.nii.gz'
data = read_img(path)
show_img(data)


img = sitk.ReadImage(path)
#查看圖片深度
print(img.GetDepth())
#144 共144張圖
#查看Size
print(img.GetSize())
#(512,512,144) 像素：512*512， 144張圖片

更多的函數(shù)自己去發(fā)現(xiàn)

以上這篇讀取nii或nii.gz文件中的信息即輸出圖像操作就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。

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