使用ITK-SNAP進(jìn)行摳圖操作并保存mask的實(shí)例
問(wèn)題描述：
想要去掉圖像背景,只保留中心部分
目標(biāo)：
1.利用ITK-SNAP制作二值化標(biāo)簽(即mask)
2.利用軟件ITK-SNAP把一幅圖像中自己想要的部分摳出來(lái)
步驟:
1.保存mask
打開(kāi)ITK-SNAP ,這是一款可以方便進(jìn)行勾畫(huà)操作,制作標(biāo)簽的軟件
1.點(diǎn)擊勾畫(huà)按鈕
2.在圖像中選點(diǎn)進(jìn)行勾畫(huà)
3.勾畫(huà)完成后點(diǎn)擊accept,可以看到所勾畫(huà)的區(qū)域被標(biāo)簽顏色所覆蓋
4.滾動(dòng)鼠標(biāo)滾輪到下一層(對(duì)于3D圖像),繼續(xù)勾畫(huà)
tips:點(diǎn)擊"paste last polygon"按鈕使用上一層的勾畫(huà)結(jié)果,拖動(dòng)勾畫(huà)框可以進(jìn)行修改
5.勾畫(huà)完成后按ctrl+S保存圖像,此時(shí)所保存的即為二值化的mask(標(biāo)簽)
(背景部分是0,高亮區(qū)域是設(shè)定的label值,這里為1)
2.提取目標(biāo)區(qū)域（摳圖）
思想：將保存的二值化mask與原圖像做點(diǎn)乘，就可以將去除無(wú)關(guān)背景，得到中心區(qū)域的目標(biāo)圖像
方法：（對(duì)于nii格式的圖像）
import nibabel as nib
import numpy as np
index = list(['1','14','4','5','7','70','148'])#一共7張待處理圖像
for i in range (len(index)):
#圖像位置
nii_file = '/home/YinXiaolong/1909/MRBrainS18_data/training_corrected_selected/'+index[i]+'/data/reg_IR.nii.gz'
nii_file2 = '/home/YinXiaolong/1910/mask_multiple/mask/' +'mask'+ index[i]+ '.nii.gz'
#載入圖像
img = nib.load(nii_file).get_fdata()
img2 = nib.load(nii_file2).get_fdata()
#兩幅圖像相乘
img3 = np.multiply(img,img2)
#將矩陣轉(zhuǎn)換為nii
array_img = nib.Nifti1Image(img3,None)
#保存并導(dǎo)出
nib.save(array_img, 'reg_IR'+'_'+index[i]+'.nii')
print('img'+index[i]+'Done')
對(duì)于一般格式圖像利用numpy中的img = np.multiply(img1,img2)進(jìn)行兩幅圖像的點(diǎn)乘即可。
以上這篇使用ITK-SNAP進(jìn)行摳圖操作并保存mask的實(shí)例就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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