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Ubuntu配置Pytorch on Graph (PoG)環(huán)境過(guò)程圖解

更新時(shí)間：2020年11月19日 09:27:51 作者：Gelthin

這篇文章主要介紹了Ubuntu配置Pytorch on Graph (PoG)環(huán)境過(guò)程圖解,文中通過(guò)示例代碼介紹的非常詳細(xì)，對(duì)大家的學(xué)習(xí)或者工作具有一定的參考學(xué)習(xí)價(jià)值,需要的朋友可以參考下

最近準(zhǔn)備復(fù)現(xiàn)一下 KDD-20 Towards Deeper Graph Neural Networks 的代碼，順便學(xué)習(xí)一下 GCN 最新的一些進(jìn)展。

GCN 的代碼通常需要安裝 Pytorch on Graph, 按照其官方指導(dǎo), 發(fā)現(xiàn)無(wú)法兼容當(dāng)前所使用的服務(wù)器上的 pytorch1.3 和 cuda10.0 環(huán)境, 需要升級(jí) cuda 和 pytorch 的版本。

于是準(zhǔn)備重新安裝一個(gè)虛擬環(huán)境，使用上 cuda 10.2 和 pytorch1.6。

1. 安裝 Cuda10.2 以及對(duì)應(yīng)版本的 Cudnn

安裝 cuda 10.2，

wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/10.2/Prod/local_installers/cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run
sudo sh cuda_10.2.89_440.33.01_linux.run

然后安裝對(duì)應(yīng)版本的 cudnn

但由于當(dāng)前機(jī)器上已經(jīng)安裝了 cuda 10.0，因此想要找一些能夠切換的方法，不刪去當(dāng)前的 cuda10.0, 發(fā)現(xiàn)可以使用軟鏈接的方式進(jìn)行切換

# 切換為 cuda 8.0 版本
rm -rf /usr/local/cuda #刪除之前創(chuàng)建的軟鏈接
sudo ln -s /usr/local/cuda-8.0/ /usr/local/cuda/
nvcc --version #查看當(dāng)前 cuda 版本

 nvcc: NVIDIA (R) Cuda compiler driver
 Copyright (c) 2005-2016 NVIDIA Corporation
 Built on Mon_Jan_23_12:24:11_CST_2017
 Cuda compilation tools, release 8.0, V8.0.62

# cuda8.0 切換到 cuda9.0 
rm -rf /usr/local/cuda
sudo ln -s /usr/local/cuda-9.0/ /usr/local/cuda/
nvcc --version

安裝 cuda10.2，這里只安裝 Cuda Toolkit 10.2, 不安裝 driver, 因?yàn)橹?Cuda10.0 已經(jīng)裝過(guò) driver 了。

然后嘗試安裝對(duì)應(yīng)版本的 cudnn, 在linux上

使用

wget "https://developer.nvidia.com/compute/machine-learning/cudnn/secure/8.0.3.33/10.2_20200825/cudnn-10.2-linux-x64-v8.0.3.33.tgz"

會(huì)導(dǎo)致一直顯示 403 Forbid 錯(cuò)誤，但用 windows 瀏覽器可以訪問(wèn)成功，用 windows 下載，但后綴名變?yōu)榱?".solitairetheme8",

mv cudnn-10.2-linux-x64-v8.0.3.33.solitairetheme8 cudnn-10.2-linux-x64-v8.0.3.33.tgz

接下來(lái)安裝 cudnn，注意到，現(xiàn)在有多個(gè)版本的 cuda 了，不要再使用軟鏈接 /usr/local/cuda/，而應(yīng)該使用對(duì)應(yīng)版本的 cuda 地址。

使用 cd /usr/local/ 可以看到當(dāng)前安裝的 cuda 的情況，我這里是：

使用如下命令完成 cudnn 的安裝：

tar -zxvf cudnn-10.2-linux-x64-v8.0.3.33.tgz
sudo cp cuda/include/cudnn.h /usr/local/cuda-10.2/include/
sudo cp cuda/lib64/libcudnn* /usr/local/cuda-10.2/lib64/
sudo chmod a+r /usr/local/cuda-10.2/include/cudnn.h
sudo chmod a+r /usr/local/cuda-10.2/lib64/libcudnn*

從官網(wǎng)下載實(shí)在太慢，也可以改為設(shè)置為清華源

# 首先執(zhí)行如下幾條命令更換清華鏡像源conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --set show_channel_urls yes

安裝結(jié)果：