Python?讀取?.gz?文件全過(guò)程
更新時(shí)間：2022年09月26日 15:02:38 作者：努力沉淀
這篇文章主要介紹了Python?讀取?.gz?文件全過(guò)程，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。如有錯(cuò)誤或未考慮完全的地方，望不吝賜教
Python 讀取 .gz 文件
讀取.gz 文件需要使用gzip 包，如果沒(méi)有安裝可以自行在終端安裝
pip install gzip
import gzip path = "" #你的文件路徑 f = gzip.open(path, 'rb') ? for line in f.readlines(): # 按行進(jìn)行讀取 ? ? s = line.decode() # 讀取之后要進(jìn)行解碼 ? ? print(s) # s 為string類型，就是我們讀取的文件中的一行
也可以批量讀取，批量讀取文件使用os包對(duì)文件夾中的所有文件進(jìn)行
import gzip import os\ ? path = "" #表示你要打開(kāi)的文件夾 files = os.listdir(path) #files 是path中存放的所有文件名集合 for file in files: ? ? f = gzip.open(path+file, 'rb') ? ? for line in f.readline(): ? ? ? ? print(line)
Python 讀取gz文件，字符串與字節(jié)串的相互轉(zhuǎn)換
首先是字節(jié)串轉(zhuǎn)字符串，也就是str：
b = b'some byte array' ? str(b, encoding = "utf-8") ? #or bytes.decode(b)
然后是字符串轉(zhuǎn)為字節(jié)串：
s = 'some string' ? bytes(s, encoding = "utf8") ? #or str.encode(s)
fastq.gz文件讀取
with gzip.open(fq,'r') as fastq: ?? ?try: ?? ??? ?while True: ?? ??? ??? ?line1 = next(fastq).decode() ?# 字節(jié)轉(zhuǎn)字符串 ?? ??? ??? ?line2 = next(fastq).decode() ?? ??? ??? ?line3 = next(fastq).decode() ?? ??? ??? ?line4 = next(fastq).decode() ?? ??? ??? ? ?? ?except: ?? ??? ??? ?pass
以上為個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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