Python無權(quán)點文件轉(zhuǎn)化成鄰接矩陣方式
將無權(quán)點文件轉(zhuǎn)化成鄰接矩陣
目前點文件是兩列Excel代碼，在進行復雜網(wǎng)絡(luò)運算時需要轉(zhuǎn)化成鄰接矩陣。
我在網(wǎng)上找了一個代碼，稍微修改了下，親測可以成功轉(zhuǎn)化。
import csv
import numpy as np
import pandas as pd
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
f = open('D:/ii/R/C3000.csv')
#數(shù)據(jù)兩列（id1，id2），每一行表示這兩個節(jié)點之間存在邊
data = [tuple(map(int, row)) for row in csv.reader(f)]#讀取數(shù)據(jù)
n = max(max(id1, id2) for id1, id2 in data)
print(n)#最大節(jié)點數(shù)對應鄰接矩陣的行列數(shù)
matrix = np.zeros((n,n))#生成n行n列的全0數(shù)組
for id1, id2 in data:
matrix[id2-1][id1-1] = 1#遍歷數(shù)據(jù)，將對應關(guān)系轉(zhuǎn)化為1
matrix[id1-1][id2-1] = 1 #鄰接矩陣對角對稱
print(matrix)
df = pd.DataFrame(matrix)
df.to_csv("D:/ii/R/Adjacency Matrix.csv")
#生成鄰接矩陣并存儲轉(zhuǎn)化成鄰接矩陣后，python代碼對于點的計算是從0開始的
鄰接矩陣的COO格式
我們知道，鄰接矩陣通常是稀疏矩陣，而COO格式（Coordinate Format）是稀疏矩陣的一種存儲方式，本文將簡要介紹如何將無權(quán)無向圖的鄰接矩陣轉(zhuǎn)化為COO格式。
顧名思義，COO格式即坐標格式，我們只需考慮鄰接矩陣中不為零的元素的坐標。對于無權(quán)無向圖，其鄰接矩陣是對稱陣并且元素非 0 0 0 即 1 1 1，
考慮下面的鄰接矩陣：
先考慮下三角部分，不為零的元素的坐標為(1,0),(2,1),(3,0)，因此所有不為零的元素的坐標為(1,0),(0,1),(2,1),(1,2),(3,0),(0,3)。
將這六個坐標轉(zhuǎn)置成列向量并沿列方向拼在一起即可得到此鄰接矩陣的COO格式：
容易看出，對于無權(quán)無向圖，設(shè)它有 num_edges 條邊，則鄰接矩陣的COO格式的形狀為 (2, num_edges * 2)。
在 PyG 中，一條無向邊被視為兩條有向邊的組合，COO格式中的 num_edges 指的是有向邊的個數(shù)，因此這種情況下無論是有向圖還是無向圖，形狀均可統(tǒng)一為 (2, num_edges)。
numpy 實現(xiàn)：
import numpy as np
def adj2coo(adj):
"""Convert the adjacency matrix to its COO format
Args:
adj (ndarray): Adjacency matrix
Returns:
ndarray: COO format
"""
return np.vstack(adj.nonzero())
例如：
a = np.array([[0, 1, 0, 1], [1, 0, 1, 0], [0, 1, 0, 0], [1, 0, 0, 0]]) print(adj2coo(a)) # [[0 0 1 1 2 3] # [1 3 0 2 1 0]]
總結(jié)
以上為個人經(jīng)驗，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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