numpy數(shù)組之讀寫文件的實(shí)現(xiàn)
將 numpy 數(shù)組存入文件,有多種文件類型可供選擇,對(duì)應(yīng)地就有不同的方法來讀寫。
下面我將介紹讀寫 numpy 的三類文件:
- txt 或者 csv 文件
- npy 或者 npz 文件
- hdf5 文件
通過 numpy 讀寫 txt 或 csv 文件
import numpy as np a = np.array(range(20)).reshape((4, 5)) print(a) # 后綴改為 .txt 一樣 filename = 'data/a.csv' # 寫文件 np.savetxt(filename, a, fmt='%d', delimiter=',') # 讀文件 b = np.loadtxt(filename, dtype=np.int32, delimiter=',') print(b)
缺點(diǎn):
- 只能保存一維和二維 numpy 數(shù)組,當(dāng) numpy 數(shù)組 a 有多維時(shí),需要將其 a.reshape((a.shape[0], -1)) 后才能用這種方式保存。
- 不能追加保存,即每次 np.savetxt() 都會(huì)覆蓋之前的內(nèi)容。
通過 numpy 讀寫 npy 或 npz 文件
讀寫 npy 文件
import numpy as np a = np.array(range(20)).reshape((2, 2, 5)) print(a) filename = 'data/a.npy' # 寫文件 np.save(filename, a) # 讀文件 b = np.load(filename) print(b) print(b.shape)
優(yōu)點(diǎn):
- npy 文件可以保存任意維度的 numpy 數(shù)組,不限于一維和二維;
- npy 保存了 numpy 數(shù)組的結(jié)構(gòu),保存的時(shí)候是什么 shape 和 dtype,取出來時(shí)就是什么樣的 shape 和 dtype。
缺點(diǎn):
- 只能保存一個(gè) numpy 數(shù)組,每次保存會(huì)覆蓋掉之前文件中存在的內(nèi)容(如果有的話)。
讀寫 npz 文件
import numpy as np a = np.array(range(20)).reshape((2, 2, 5)) b = np.array(range(20, 44)).reshape(2, 3 ,4) print('a:\n', a) print('b:\n', b) filename = 'data/a.npz' # 寫文件, 如果不指定key,那么默認(rèn)key為'arr_0'、'arr_1',一直排下去。 np.savez(filename, a, b=b) # 讀文件 c = np.load(filename) print('keys of NpzFile c:\n', c.keys()) print("c['arr_0']:\n", c['arr_0']) print("c['b']:\n", c['b'])
優(yōu)點(diǎn):
- npy 文件可以保存任意維度的 numpy 數(shù)組,不限于一維和二維;
- npy 保存了 numpy 數(shù)組的結(jié)構(gòu),保存的時(shí)候是什么 shape 和 dtype,取出來時(shí)就是什么樣的 shape 和 dtype;
- 可以同時(shí)保存多個(gè) numpy 數(shù)組;
- 可以指定保存 numpy 數(shù)組的 key,讀取的時(shí)候很方便,不會(huì)混亂。
缺點(diǎn):
- 保存多個(gè) numpy 數(shù)組時(shí),只能同時(shí)保存,即 np.savez(filename, a, b=b)。每次保存會(huì)覆蓋掉之前文件中存在的內(nèi)容(如果有的話)。
通過 h5py 讀寫 hdf5 文件
優(yōu)點(diǎn):
- 不限 numpy 數(shù)組維度,可以保持 numpy 數(shù)組結(jié)構(gòu)和數(shù)據(jù)類型;
- 適合 numpy 數(shù)組很大的情況,文件占用空間?。?/li>
- 可以通過 key 來訪問 dataset(可以理解為 numpy.array),讀取的時(shí)候很方便,不會(huì)混亂。
- 可以不覆蓋原文件中含有的內(nèi)容。
簡(jiǎn)單讀取
import numpy as np import h5py a = np.array(range(20)).reshape((2, 2, 5)) b = np.array(range(20)).reshape((1, 4, 5)) print(a) print(b) filename = 'data/data.h5' # 寫文件 h5f = h5py.File(filename, 'w') h5f.create_dataset('a', data=a) h5f.create_dataset('b', data=b) h5f.close() # 讀文件 h5f = h5py.File(filename, 'r') print(type(h5f)) # 通過切片得到numpy數(shù)組 print(h5f['a'][:]) print(h5f['b'][:]) h5f.close() 通過切片賦值 import numpy as np import h5py a = np.array(range(20)).reshape((2, 2, 5)) print(a) filename = 'data/a.h5' # 寫文件 h5f = h5py.File(filename, 'w') # 當(dāng)數(shù)組a太大,需要切片進(jìn)行操作時(shí),可以不直接對(duì)h5f['a']進(jìn)行初始化; # 當(dāng)之后不需要改變h5f['a']的shape時(shí),可以省略maxshape參數(shù) h5f.create_dataset('a', shape=(2, 2, 5), maxshape=(None, 2, 5), dtype=np.int32, compression='gzip') for i in range(2): ? ? # 采用切片的形式賦值 ? ? h5f['a'][i] = a[i] h5f.close() # 讀文件 h5f = h5py.File(filename, 'r') print(type(h5f)) print(h5f['a']) # 通過切片得到numpy數(shù)組 print(h5f['a'][:])
同一個(gè) hdf5 文件可以創(chuàng)建多個(gè) dataset,讀取的時(shí)候按照 key 來即可。
總結(jié)
- csv 和 txt 只能用來存一維或二維 numpy 數(shù)組;
- npy 用來存單個(gè) numpy 數(shù)組,npz 可以同時(shí)存多個(gè) numpy 數(shù)組,兩者都不限 numpy 維度,且都保持 numpy 數(shù)組的 shape 和 dtype,寫文件時(shí)若原文件存在只能覆蓋原文件內(nèi)容;
- 當(dāng) numpy 數(shù)組很大時(shí),最好使用 hdf5 文件,hdf5 文件相對(duì)更??;
- 當(dāng) numpy 數(shù)組很大時(shí),對(duì)整個(gè) numpy 數(shù)組進(jìn)行運(yùn)算容易發(fā)生 MemoryError,那么此時(shí)可以選擇對(duì) numpy 數(shù)組切片,將運(yùn)算后的數(shù)組保存到 hdf5 文件中,hdf5 文件支持切片索引。
References
當(dāng)Python遇上HDF5--性能優(yōu)化實(shí)戰(zhàn) -- 張玉騰
雜: PYTHON上數(shù)據(jù)儲(chǔ)存:推薦h5py -- Pony_s
到此這篇關(guān)于numpy數(shù)組之讀寫文件的實(shí)現(xiàn)的文章就介紹到這了,更多相關(guān)numpy數(shù)組讀寫文件內(nèi)容請(qǐng)搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章希望大家以后多多支持腳本之家!
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