Pthon批量處理將pdb文件生成dssp文件
更新時間：2015年06月21日 16:22:09 投稿：junjie
這篇文章主要介紹了Pthon批量處理將pdb文件生成dssp文件,通過本例主要學(xué)習(xí)遍歷目錄下文件的方法,需要的朋友可以參考下
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015
@author: chaofn
"""
import os
"""
這個程序的目的是將linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目錄中的所有文件（一共有215個文件）
批處理
將pdb文件生成dssp文件
"""
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#遍歷整個列表
for i in range(len(fileLine)-1):
#將字符串用變量表示
input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
#先去掉文件名的后綴，然后形成后綴為dssp的文件名
out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
#注意：參數(shù)的傳遞（先是%s，然后是%變量名），多個變量的傳入要用元組表示，在元組前用%
os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))
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