Accelrys Discovery Studio是由Accelrys官方推出的一款免費(fèi)的分子建模環(huán)境，提供了蛋白質(zhì)的表征、同源建模、X-ray分析、基于結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì)工具等多種功能，通過高質(zhì)量的圖形集成的環(huán)境，可以將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的保存、管理和建模等，適用于計(jì)算生物學(xué)家，結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、藥物化學(xué)家、實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家等，需要的朋友歡迎前來下載使用！

Accelrys Discovery Studio 2.5 安裝教程：

1.首先，需要獲取DS軟件，小木蟲是個(gè)好地方，現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)布3.0版本，但是是收費(fèi)的，有破解版，但是入門建議用穩(wěn)定的2.5版本。放鏈接容易被評(píng)為廣告，所以大家自己去小木蟲找資源吧。下載的壓縮包解壓縮后的內(nèi)容如下

2、雙擊setup.exe，彈出安裝界面

3、選擇modify模式安裝，下一步

4、選擇文件夾，因?yàn)槲业腃盤已經(jīng)滿滿登登的了，所以我安在了D盤

5、NEXT，可以選擇完全安裝選擇（complete），也可以選擇第一個(gè)，客戶登錄方式，建議complete，然后注冊(cè)。

6、接下來，就是next一路到最后，因?yàn)镈S較大，從下載到全部安裝成功需要半天時(shí)間。然后在網(wǎng)上下載一個(gè)DS的注冊(cè)碼自動(dòng)生成腳本，同樣，我沒法放鏈接，抱歉，注冊(cè)一個(gè)永久使用權(quán)。

7、全部完成后，就可以使用DS了

軟件功能：

1、基本界面和顯示模塊

·Discovery Studio 2.5 Standalone

可視化界面，是利用Discovery Studio軟件進(jìn)行分子設(shè)計(jì)和模擬的基礎(chǔ)，支持服務(wù)器-客戶端安裝在同一臺(tái)機(jī)器上的運(yùn)行模式。與Pipeline Pilot Server結(jié)合在一起，提供化學(xué)/生物學(xué)數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動(dòng)態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

·Discovery Studio 2.5 Visualizer Client

是服務(wù)器-客戶端運(yùn)行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務(wù)器端的Discovery Studio軟件。必須與服務(wù)器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作，為用戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計(jì)算資源共享。

2、蛋白質(zhì)模擬模塊

·DS MODELER

只要給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個(gè)已知三維結(jié)構(gòu)蛋白的比對(duì)，利用工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的快速同源模建方法，便可自動(dòng)并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對(duì)于靶標(biāo)發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析，MODELER是一個(gè)理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進(jìn)行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對(duì)并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)合Sequence Analysis模塊，可以全自動(dòng)完成抗體Loop區(qū)模建。結(jié)合Discovery Studio里模擬及以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物設(shè)計(jì)的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結(jié)構(gòu)及功能的關(guān)系。

3、基于結(jié)構(gòu)的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)模塊

·DS Flexible Docking

受體柔性對(duì)接工具(Induced-Fit對(duì)接工具)，可以實(shí)現(xiàn)配體-受體雙柔性對(duì)接，模擬配體與受體結(jié)合時(shí)的誘導(dǎo)-契合效應(yīng)(induced-fit)。Flexible Docking模塊先對(duì)蛋白活性口袋的側(cè)鏈產(chǎn)生多個(gè)構(gòu)象，然后將配體對(duì)接到受體的活性口袋當(dāng)中，最后對(duì)得到的配體-受體復(fù)合物結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化。Flexible Docking最大的優(yōu)勢(shì)在于準(zhǔn)確，可以精細(xì)地研究配體-受體的相互作用信息，適合于作用機(jī)理研究。需要DS CHARMm, DS LibDock, DS Catalyst Conformation, DS Protein Refine模塊支持。

·DS LigandFit

LigandFit模塊可以方便快速地將小分子化合物對(duì)接到生物大分子的活性位點(diǎn)中，是一個(gè)快速、靈活的分子對(duì)接程序，可以考慮配體結(jié)合取向、結(jié)合構(gòu)象以及形狀匹配等多種因素。LigandFit在高通量虛擬篩選時(shí)可并行計(jì)算。同時(shí)具有設(shè)置interaction filter的功能。

·DS LigandScore

discovery studio 2.5采用經(jīng)過驗(yàn)證的打分函數(shù)以及特定的描述符，評(píng)價(jià)受體-配體間的相互作用。通過對(duì)LigandFit對(duì)接結(jié)果的分析，可幫助用戶確定結(jié)合模式方面可能存在的問題，區(qū)分正確或錯(cuò)誤的結(jié)合構(gòu)象，把不同結(jié)合構(gòu)象的配體依次排序以供篩選或合成使用?？勺远x參數(shù)，可將所有設(shè)置保存并與其他使用者共享。LigandScore在高通量的虛擬篩選時(shí)也可并行計(jì)算。

4、基于藥效團(tuán)的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)模塊

·DS Catalyst Conformation

多樣、完全且快速的構(gòu)象模型生成工具，可以選擇采用Polling或CAESAR算法生成構(gòu)象，生成的構(gòu)象用于產(chǎn)生藥效團(tuán)模型或進(jìn)行數(shù)據(jù)庫搜索。

·DS Catalyst Hypothesis

對(duì)一組化合物進(jìn)行基于特性結(jié)構(gòu)的比對(duì)并自動(dòng)生成藥效團(tuán)模型的工具。這些特性結(jié)構(gòu)包括親疏水性基團(tuán)、氫鍵給體/受體和正/負(fù)電荷基團(tuán)等。產(chǎn)生藥效團(tuán)模型時(shí)如果提供具體的活性數(shù)據(jù)，可以產(chǎn)生3D-QSAR藥效團(tuán)并用之來預(yù)測(cè)新化合物的活性，如果在產(chǎn)生藥效團(tuán)的過程中考慮排除體積，從而引入受體占有空間位阻的信息，精修后得到的藥效團(tuán)模型可以提高預(yù)測(cè)能力;產(chǎn)生藥效團(tuán)模型時(shí)如果不提供具體的活性數(shù)據(jù)，可根據(jù)化合物和藥效團(tuán)疊合、匹配的情況對(duì)候選分子或三維數(shù)據(jù)庫搜尋結(jié)果的活性進(jìn)行定性的評(píng)價(jià)。

5、基于小分子的藥物發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)模塊

·DS QSAR

定量構(gòu)效關(guān)系研究工具。discovery studio 2.5可以計(jì)算幾百種與生物活性或ADME/T性質(zhì)相關(guān)的描述符，包括分子拓?fù)涿枋龇⒎肿又讣y在內(nèi)的一系列基本性質(zhì)。還提供了多種統(tǒng)計(jì)工具，如Bayesian模型、多元線形回歸、最小二乘法等，用于對(duì)各種復(fù)雜數(shù)據(jù)進(jìn)行建模和數(shù)據(jù)挖掘。

·GFA Component

遺傳算法建模組件，可通過DS QSAR或Pipeline Pilot調(diào)用。

·VAMP Descriptors Component/ DMol3 Descriptors Component

使用半經(jīng)驗(yàn)量子力學(xué)程序VAMP及DFT量子力學(xué)程序DMol3進(jìn)行化合物性質(zhì)描述符計(jì)算的組件。

6、分子力學(xué)和分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算模塊

·DS CHARMm

利用這個(gè)工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的分子力學(xué)及動(dòng)力學(xué)程序，研究多種分子(從小分子配體到多組分的復(fù)合物)的熱力學(xué)及動(dòng)力學(xué)特性?；诠鸬腃HARMM模擬引擎，CHARMm不斷開發(fā)升級(jí)并增加最新的功能。另外，因?yàn)镃HARMm也可在同一界面用于Discovery Studio里基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)模塊中，因此很容易進(jìn)行蛋白、配體、蛋白和配體復(fù)合物的計(jì)算及分析，也可以更加靈活地利用CHARMm的編程功能，加快藥物發(fā)現(xiàn)?；贑HARMm的對(duì)接算法CDOCKER用于柔性分子對(duì)接，在此基礎(chǔ)上，利用CHARMm還可以進(jìn)行考慮藥效團(tuán)限制的分子對(duì)接。同時(shí)通過熵的計(jì)算可以進(jìn)一步提高M(jìn)M-GBSA和MM-PBSA受體-配體結(jié)合自由能計(jì)算的準(zhǔn)確性。CHARMm帶有的stand-alone輸入工具，可讓用戶在批處理模式下利用CHARMm力場及自動(dòng)參數(shù)預(yù)測(cè)功能確定整個(gè)化合物庫中化合物的力場類型。合適的力場，PME靜電模型和溶劑化時(shí)添加對(duì)應(yīng)離子的能力確保準(zhǔn)確的核酸模擬研究。用戶可以使用CHARMm組件定制復(fù)雜的模擬流程，也可以將該流程與其它計(jì)算應(yīng)用軟件整合在一起使用。

7、分析模塊

·DS Biopolymer

DS Biopolymer模塊整合了Delphi功能，為用戶提供操作簡單易學(xué)而且實(shí)用的模型搭建以及靜電勢(shì)分析工具。DS Biopolymer可用于搭建和修飾蛋白質(zhì)和小肽分子、將蛋白質(zhì)復(fù)合物分成不同的組分、快速產(chǎn)生肽類或蛋白質(zhì)分子的性質(zhì)分析報(bào)告、計(jì)算大分子和小分子的靜電勢(shì)分布和溶劑化能以及蛋白氨基酸殘基pK值的計(jì)算等方面。DS Biopolymer產(chǎn)生的小分子以及生物大分子模型可以在Discovery Studio其他模塊中進(jìn)行進(jìn)一步的分析。

·DS Analysis

結(jié)果分析和顯示模塊。能夠分析和顯示蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)與配體復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)軌跡文件，包括對(duì)軌跡進(jìn)行主成分分析，計(jì)算徑向分布函數(shù)等?？梢詫⒌鞍踪|(zhì)、蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物的軌跡文件以動(dòng)態(tài)、曲線圖和表格的方式表現(xiàn)出來。Analysis模塊可以幫助用戶地理解酶催化機(jī)制、受體激活以及細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)過程中分子構(gòu)象與能量間的相互影響。在研究受體-配體相互作用時(shí)，能夠?qū)Ψ肿訉?duì)接的結(jié)果進(jìn)行快速聚類分析。