discovery studio 4.5免費版是一款由biovia公司推出的綜合性分子建模和環(huán)境模擬軟件，這個可以說是最新版本了，軟件兼容32位和64位操作系統(tǒng)，它為使用者提供了豐富的模塊供用戶選擇，并擁有先進的算法和高質(zhì)量的圖形界面，新版本還加入了新的方法，增強了軟件兼容性，不過該軟件并無破解版，歡迎有需要的朋友們前來下載使用。

軟件特色

基本界面和顯示模塊

·Discovery Studio Standalone

可視化界面，是利用Discovery Studio軟件進行分子設(shè)計和模擬的基礎(chǔ)，支持服務(wù)器-客戶端安裝在同一臺機器上的運行模式。與Pipeline Pilot Server結(jié)合在一起，提供化學/生物學數(shù)據(jù)顯示、模擬/分析、構(gòu)建三維分子、展示動態(tài)變化、三維作圖及許多其它功能。

·Discovery Studio Visualizer Client

是服務(wù)器-客戶端運行模式中、客戶端的可視化界面，用于訪問和使用服務(wù)器端的Discovery Studio軟件。必須與服務(wù)器端配置的Pipeline Pilot Server協(xié)同工作，為用戶提供無與倫比的數(shù)據(jù)、工作流程和計算資源共享。

蛋白質(zhì)模擬模塊

·DS MODELER

只要給出未知結(jié)構(gòu)序列與另一個已知三維結(jié)構(gòu)蛋白的比對，利用工業(yè)標準的快速同源模建方法，便可自動并快速產(chǎn)生優(yōu)化的蛋白同源模型。對于靶標發(fā)現(xiàn)及蛋白家族功能結(jié)構(gòu)分析，MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變，進行l(wèi)oop區(qū)模建及基于結(jié)構(gòu)的比對并構(gòu)建有配體結(jié)合的蛋白結(jié)構(gòu)模型。結(jié)合Sequence Analysis模塊，可以全自動完成抗體Loop區(qū)模建。結(jié)合Discovery Studio里模擬及以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物設(shè)計的功能模塊，用MODELER還可以深入研究蛋白結(jié)構(gòu)及功能的關(guān)系。

·DS Protein Refine

利用CHARMm對模建好的蛋白質(zhì)進行側(cè)鏈和loop區(qū)的優(yōu)化，提高蛋白質(zhì)模型的準確性。

·DS Protein Health

蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)合理性評價工具。Protein Health模塊運用Profiles 3D方法，通過將三維結(jié)構(gòu)的結(jié)構(gòu)環(huán)境與特定氨基酸殘基的優(yōu)先外界環(huán)境相比較，獲得相關(guān)結(jié)構(gòu)性質(zhì)與氨基酸序列信息之間的關(guān)系。通過Protein Health模塊的分析，用戶可以方便快速地找到蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中不合理的區(qū)域。

·DS Protein Families

通過分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三維結(jié)構(gòu)上的保守殘基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能機制。Protein Families的簡單易用的流程(protocols)，也可一步步地引導(dǎo)用戶進行分析，從蛋白家族的序列或者結(jié)構(gòu)比對，到進化蹤跡分析。而進化蹤跡分析包括用分層聚類的方法來建立蛋白家族系統(tǒng)樹圖以及把這些得到的功能注釋信息畫到你的三維結(jié)構(gòu)上去。進行序列比對時，允許根據(jù)需要對比對結(jié)果添加約束，提高活性部位關(guān)鍵殘基的比對效果。

·DS Sequence Analysis

與功能已知的其它蛋白的序列進行比對，是確定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以讓用戶通過通用的BLAST及PSI-BLAST算法來搜索本地數(shù)據(jù)庫或者NCBI網(wǎng)上數(shù)據(jù)庫，確定蛋白序列的同源區(qū)域。結(jié)果在交互的報告格式里面顯示以方便進行進一步的分析及在其它Discovery Studio模塊里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95數(shù)據(jù)庫時，結(jié)果文件中可以顯示輸出蛋白質(zhì)的SCOP ID, Ligand ID以及X射線分辨率等信息。

更新說明

•與最新發(fā)布的Pipeline Pilot 9.5相兼容;

•新!新增Antibody Modeling Cascade模塊，該protocol可以基于一系列抗體輕鏈和重鏈序列快速構(gòu)建單個或多個抗體Fab區(qū)或Fv區(qū)的3D模型;

•新!新增Assign ForceField Types (Prototype)功能，為charmm36、charmm27和charmm22力場提供一種新的分配原子類型的方法，該方法將傳統(tǒng)的同模板基于名稱進行匹配替代為基于結(jié)構(gòu)進行匹配，一旦結(jié)構(gòu)匹配，即賦予相應(yīng)力場;

•增加基于Web Viewer報告組件的WebGL原型，可以在瀏覽器中創(chuàng)建含3D交互式界面的HTML報告，無需安裝任何插件;

•2D Ligand Interaction Diagram功能可以支持Discovery Studio中所有的非鍵作用類型，并改進了2D圖形的性能、可靠性和布局，可針對不同類型非鍵作用進行有針對性的修改;

• Predict Protein Ionization and Residue pK模塊包含新的計算功能：

• 可以在特定pH和離子強度環(huán)境下形成一個全質(zhì)子化的分子模型;

• 基于pH環(huán)境計算分子的偶極矩;

•基于pH環(huán)境計算靜電勢對溶劑化和固態(tài)狀態(tài)之間溶劑能差異的貢獻，ΔΔGSolv;

• Annotate Antibody Sequence模塊可基于Chothia Canonical Loop定義方式注釋抗體序列的CDR區(qū)，并且可以識別出種系基因V和J基因可匹配的抗體VL和VH區(qū);

安裝教程

1、雙擊“DS45Client.exe”開始軟件的安裝

2、稍等一會兒進入軟件安培訓(xùn)向?qū)?/p>

3、點擊next設(shè)置軟件安裝目錄，默認為“C:\Program Files\BIOVIA\Discovery Studio 4.5\”

4、如下圖，點擊install安裝即可

5、完成后就可以運行discovery studio 4.5了。