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詳情介紹
bioedit(分子生物學(xué)應(yīng)用軟件)是一款功能非常齊全的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件,bioedit可以幫助用戶對(duì)核苷酸序列,蛋白質(zhì)序列等進(jìn)行所有的常規(guī)的分析操作,比如引物設(shè)計(jì)、序列比對(duì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等,軟件和dnaman比較的話,它的分析內(nèi)容相對(duì)要比dnaman豐富許多,并且還為用戶提供了許多的網(wǎng)絡(luò)程序的接口,分析界面等,本次帶來(lái)bioedit漢化版免費(fèi)下載,需要的朋友千萬(wàn)不要錯(cuò)過(guò)!
軟件簡(jiǎn)介:
BioEdit是一個(gè)功能齊全的免費(fèi)序列對(duì)比編輯器軟件。對(duì)于分子生物學(xué)來(lái)說(shuō),是一款相當(dāng)不錯(cuò)的應(yīng)用工具了。主要可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作,如:序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等。這是由研究生設(shè)計(jì)和編寫(xiě)的鼠標(biāo)驅(qū)動(dòng)的,所以對(duì)于序列比對(duì)編輯器和序列分析程序,非常易于使用。而且他們深入理解如何依靠文字處理器和命令行程序進(jìn)行序列操作。 提供了一個(gè)單一的程序,可以處理大多數(shù)簡(jiǎn)單的序列和比對(duì)編輯和操作功能,研究人員可能每天都會(huì)做,以及一些基本的序列分析。所以說(shuō),對(duì)于生物DNA序列分析來(lái)說(shuō),非常的有用。覺(jué)得需要的朋友,可以下載使用哦!
特色介紹:
1、可以完全核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作
2、序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等
3、和DNAMAN 相比其分析內(nèi)容相對(duì)更豐富一些
功能說(shuō)明:
1、手動(dòng)對(duì)齊四種模式:選擇和幻燈片,動(dòng)態(tài)抓取和拖動(dòng),間隙插入和鼠標(biāo)點(diǎn)擊刪除,以及在屏幕上的打字行為就像一個(gè)文本編輯器。
2、獨(dú)立核酸和氨基酸顏色表的顏色對(duì)齊和編輯,并完全控制背景顏色。
3、用于從DNA序列自動(dòng)生成質(zhì)粒載體圖的質(zhì)粒繪圖接口。輕松標(biāo)記位置,添加箭頭和彎曲框的功能,并標(biāo)記限制性酶切位點(diǎn)。同時(shí)顯示polylinker的細(xì)節(jié),繪制可移動(dòng)的箭頭和繪圖工具的形狀。
4、動(dòng)態(tài)的基于信息的對(duì)齊陰影。
5、點(diǎn)擊顏色表編輯
6、顯示和打印具有專業(yè)外觀的ABI色譜圖。
7、將序列分組成組或族。
8、為同步手對(duì)齊調(diào)整鎖定分組序列的對(duì)齊。
9、在包含特征注釋信息工具提示的對(duì)齊窗口中使用動(dòng)態(tài)視圖對(duì)具有圖形特征的序列進(jìn)行注釋。
10、鎖定序列以防止意外編輯。
11、在氨基酸和核苷酸序列中指定被認(rèn)為有效的字符進(jìn)行計(jì)算。
12、按照名稱,LOCUS,定義,訪問(wèn),PID / NID,參考,注釋或選定列中的殘留頻率對(duì)序列進(jìn)行排序。
13、通過(guò)參考序列合并對(duì)齊。
14、追加一個(gè)對(duì)齊到另一個(gè)的結(jié)尾。
15、基本的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)查看器(phylip格式樹(shù)),允許節(jié)點(diǎn)翻轉(zhuǎn)和打印。
16、在單個(gè)序列編輯器中用字母讀回序列來(lái)驗(yàn)證手工輸入的序列條目。
17、讀寫(xiě)Genbank,F(xiàn)asta,Phylip 3.2,Phylip 4和NBRF / PIR格式。現(xiàn)在還讀取GCG和Clustal格式
18、利用Don Gilbert的ReadSeq自動(dòng)導(dǎo)入和導(dǎo)出另外11種格式,包括MSF,ASN.1,IG / Stanford和EMBL。
19、允許直接從剪貼板導(dǎo)入兼容格式,而不先保存到文件。
20、輕松定制編輯器窗口的菜單快捷鍵
21、RNA比較分析,包括協(xié)變,潛在配對(duì)和互信息分析(目前能夠生成矩陣高達(dá)10,000 x 10,000 - 但這將是一個(gè)600 + Mb文件)與矩陣?yán)L圖儀的二維矩陣輸出表和面積圖數(shù)據(jù)矩陣的單獨(dú)行。矩陣?yán)L圖儀和線圖都具有點(diǎn)擊數(shù)據(jù)選擇,矩陣數(shù)據(jù)的矩陣?yán)L圖儀和一維線圖現(xiàn)在是動(dòng)態(tài)鏈接的
漢化說(shuō)明:
先行安裝原英文版軟件,再安裝本簡(jiǎn)體中文包后運(yùn)行主程序即可!
本簡(jiǎn)體中文語(yǔ)言包是在7.0.1基礎(chǔ)上漢化的,同時(shí)也可以使用于各個(gè)版本的BioEdit。因采用外掛語(yǔ)言包形式,故軟件中仍有不少地方顯示為英文。
bioedit序列拼接教程:
1、在BioEdit中開(kāi)啟一個(gè)序列
2、而后將序列上方的一個(gè)菜單:Mode下拉式菜單改為Edit,將光標(biāo)移動(dòng)到序列的最末端,從粘貼板上粘貼你要增加的第二個(gè)序列就OK了。這樣三個(gè)序列都前后連接到一起了。
3、這需要一個(gè)一個(gè)來(lái),十分麻煩。Mega5軟件支持將比對(duì)后的序列一下子全部放到此外一個(gè)比對(duì)后的序列后面。因此在序列連接(或拼接)中,用Mega5比BioEdit更好。要注意的是使用Mega5做連接時(shí),要選擇Edit/Build alignment,不能是Edit/view選項(xiàng),不然不能編輯。
Bioedit軟件使用教程開(kāi)啟Bioedit軟件,F(xiàn)ileOpen,開(kāi)啟上述比對(duì)后的fasta文件,即本例的123.fasta。模式(Mode)選擇Edit,Overwrite;選擇修改模式為右鍵插入,即I圖標(biāo)。對(duì)序列堿基進(jìn)行編輯。刪除序列使用鍵盤(pán)上的-鍵。編輯完成后,刪除參考序列文件。
文件輸出
點(diǎn)擊FileSave As,保存為fasta格式,本例保存為123.fasta,覆蓋舊文件。
怎么利用bioedit做序列的比較?
利用bioedit做序列比較
而且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口
首先要把所有的序列復(fù)制到windows自帶的記事本中,全部以fasta格式存到同一個(gè)文件中,保存成*.txt,序列內(nèi)部最好不要有空格或者換行。
序列格式舉例如下:
“>序列1 ATCG..........ATCG
>序列2 ATCG..........ATCG
>序列3 ATCG..........ATCG
>序列4 ATCG..........ATCG”
然后用Bioedit打開(kāi)剛才保存的文件*.txt,點(diǎn)擊窗口上方的Accessory application菜單,再點(diǎn)擊clustelW multiple alignment,這時(shí)候會(huì)彈出一個(gè)窗口,直接選擇Run clustalW,又彈出一個(gè)窗口,選擇ok,等待結(jié)果就行了。
最后的比對(duì)結(jié)果可以保存成*.fas格式,適用于各種分析。
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